Dalam pelaksanaannya beberapa tarif atas jenis Penerimaan Negara Bukan Pajak yang berlaku pada Departemen Pertanian yang diatur dalam Peraturan Pemerintah Nomor 49 Tahun 2002 menimbulkan keberatan dari masyarakat pengguna jasa. Selain itu, masih terdapat beberapa jenis Penerimaan Negara Bukan Pajak yang berlaku pada Departemen Pertanian yang belum diatur dalam Peraturan Pemerintah Nomor 49 Tahun 2002.

Sehubungan dengan hal tersebut, dipandang perlu mengubah Peraturan Pemerintah Nomor 49 Tahun 2002 tentang Tarif atas Jenis Penerimaan Negara Bukan Pajak yang Berlaku pada Departemen Pertanian.