Tanah Air Indonesia sebagai karunia Tuhan Yang Maha Esa yang kaya akan sumberdaya alam hayati berupa aneka ragam jenis hewan, ikan, dan tumbuhan merupakan modal dasar pembangunan nasional yang sangat penting dalam rangka peningkatan taraf hidup, kemakmuran serta kesejahteraan rakyat. Oleh karena itu, perlu dijaga dan dilindungi kelestariannya.

Salah satu ancaman yang dapat merusak kelestarian sumberdaya alam hayati tersebut adalah serangan hama dan penyakit hewan, hama dan penyakit ikan, serta organisme pengganggu tumbuhan.

Kerusakan tersebut sangat merugikan bangsa dan negara karena akan menurunkan hasil produksi budidaya hewan, ikan, dan tumbuhan, baik kuantitas maupun kualitas atau dapat mengakibatkan musnahnya jenis-jenis hewan, ikan atau tumbuhan tertentu yang bernilai ekonomis dan ilmiah tinggi. Bahkan beberapa penyakit hewan dan ikan tertentu dapat menimbulkan gangguan terhadap kesehatan masyarakat.

Bahwa wilayah negara Republik Indonesia masih bebas dari berbagai jenis hama dan penyakit hewan, hama dan penyakit ikan, serta organisme pengganggu tumbuhan yang berbahaya. Kondisi geografis wilayah negara Republik Indonesia yang terdiri dari ribuan pulau dan terpisah oleh laut, telah menjadi rintangan alami bagi penyebaran hama dan penyakit serta organisme pengganggu ke atau dari suatu area ke area lain. Dengan makin meningkatnya mobilitas manusia atau barang yang dapat menjadi media pembawa hama dan penyakit hewan, hama dan penyakit ikan, dan organisme pengganggu tumbuhan, serta masih terbatasnya kemampuan melakukan pengawasan, penangkalan, dan pengamanan, maka peluang penyebaran hama dan penyakit serta organisme pengganggu tersebut cukup besar. Hal tersebut akan sangat membayakan kelestarian sumberdaya alam hayati dan kepentingan ekonomi nasional. Oleh karena itu, diperlukan antisipasi dan kesiagaan yang tinggi agar penyebaran hama dan penyakit serta organisme pengganggu tersebut dapat dicegah.

Upaya mencegah masuknya ke dalam, dan tersebarnya dari suatu area ke area lain di dalam wilayah negara Republik Indonesia hama dan penyakit hewan, hama dan penyakit ikan, serta organisme pengganggu tumbuhan yang memiliki potensi merusak kelestarian sumberdaya alam hayati tersebut dilakukan melalui karantina hewan, ikan, dan tumbuhan oleh Pemerintah. Sesuai dengan ketentuan internasional, bangsa Indonesia juga memiliki kewajiban untuk mencegah ke luarnya hama dan penyakit hewan, hama dan penyakit ikan, serta organisme pengganggu tumbuhan dari wilayah negara Republik Indonesia. Oleh karena itu, penyelenggaraan karantina hewan, ikan, dan tumbuhan merupakan salah satu wujud pelaksanaan kewajiban internasional tersebut.

Pentingnya peranan karantina hewan, ikan, dan tumbuhan memerlukan landasan hukum yang jelas, tegas dan menyeluruh guna menjamin kepastian hukum dalam bentuk undang-undang sebagai dasar penyelenggaraannya.

Beberapa ordonansi warisan pemerintah kolonial yang sampai sekarang masih digunakan sebagai dasar penyelenggaraan kegiatan karantina hewan, ikan, dan tumbuhan di Indonesia isinya sudah tidak sesuai lagi dengan perkembangan zaman. Demikian pula hukum nasional yang menjadi landasan penyelenggaraan karantina hewan, ikan, dan tumbuhan dewasa ini yaitu Undang-undang Nomor 2 Tahun 1961 tentang Pengeluaran dan Pemasukan Tanaman dan Bibit Tanaman, Undang-undang Nomor. 6 Tahun 1967 tentang Pokok-pokok Peternakan dan Kesehatan Hewan, serta Undang-undang Nomor 9 Tahun 1985 tentang Perikanan, tidak secara lengkap atau konkrit mengatur masalah karantina hewan, ikan, atau tumbuhan, sehingga tidak mampu menjawab permasalahan-permasalahan yang timbul di bidang perkarantinaan hewan, ikan, atau tumbuhan.

Sehubungan dengan hal-hal di atas, dipandang perlu untuk mengatur secara lengkap karantina hewan, ikan, dan tumbuhan dalam suatu Undang-undang.